[#80740] mtDNA og haplogrupper

[Gjest Hans Petter Engh]

Jeg har testet meg via SMGF og fått oppgitt diverse matcher i HVR1 og HVR2 Av 34 markører har jeg fått match(treff) på 28. Jeg har forsøkt å registrere treffene jeg har fått i www.mitosearch.org men får ingen treff med andreJeg finner ingen steder å kunne legge inn mine resultater for å kunne få ut haplogruppen som jeg tilhører.Jeg på Google funnet en liste og informasjon under 'European mtDNA haplogoups with defining mutations - Europe' Lenke Under Haplogroup H får jeg treff under: H1 med mutation 16304. H3 med 16189 og 16356 H5 med 16304 H11 med 16278 og 16311 H21 med 16192J1 med 16261K med 16311T1 med 195 og 16189 T2 med 16304U1 med 16189 U4 med 195 og 16356 U5 med 16192 U6 med 16172W med 195X med 195, 16189 og 16278 X1 med 146Trolig tilhører jeg haplogruppe U men jeg tar imot hjelp for å få en klarhet.

[Gjest Svein Arnolf Bjørndal]

Jeg vil anbefale deg å melde deg på DNA Genalogy Mailing List, og legge spørsmålet inn der, for de som frekventerer det forumet er i langt større grad i stand til å besvare slike ting enn de fleste i hvert fall i DA.[url="http://lists.rootsweb.ancestry.com/index/other/DNA/GENEALOGY-DNA.html>LenkeDu kan alternativt prøve spørsmål- og svar-forumet til FTDNA:

[Gjest Kai Werner Østreng]

Hei, Hans Petter (1):Her kan du se hvilke mutasjoner fra CRS (Cambridge Reference Sequence) som styrer de ulike mtDNA-haplogruppene: http://www.phylotree.org/tree/main.htmDersom du bare har HVR1 og HVR2 test er dette oftest for lite til en detaljert bestemmelse av haplogruppe. Mer om dette på wangensteen.net om kort tidMvh Kai

[Gjest Hans Petter Engh]

Kai(1)Det var en omfattende oversikt men som du sier så får jeg ikke en detaljert bestemt haplogruppe med HVR1 og HVR2 og det var nytt for meg. Mine fleste treff med det jeg har subcladene H, T, U og X.Du har ikke glemt meg? Skal vi forsøke å finne en felles ane? Ta kontakt på mail.

[Gjest Anne M Berge]

Her er noe mer generell informasjon om testing av mitokondrie-DNA: LenkeGenerelt vil de fleste få vite haplogruppe med en HVR1 og HVR2-test, og selv de enkleste testene hos selskaper som FTDNA inkluderer haplogruppe-test, men siden SMGF er/var et forskningsinstitutt med gratistester har de ikke inkludert dette.

[Gjest Kent Williamsson]

För att få reda på subclad till en mtDNA haplogrupp behöver man t.ex. i FTDNA ta en FGS test (Full Genomic Sequence) på sitt mitokondrie DNA. Matcher på HVR1/HVR2 ligger nog ca 10,000 år eller ännu längre bakåt i tiden. För HVR1 matcher så är det så långt bakåt i tiden så det blir ännu mer ointressant.

[Gjest Kent Williamsson]

T.ex. mitt mtDNA subclad anses just nu ha blivit till för ca 8,500 år sedan. Jag har sju stycken på FTDNA som har samma subclade men jag men vi har ingen match. Jag har ingen träff alls på FGS och kommer kanske aldrig att få det heller vilket är lite trist.

[Gjest Anne M Berge]

@Kent: Det fins noen subclades der mange av de definerende SNPs ligger i HVR1-området (16001-16569) eller HVR2-området (001-574), f eks innen U-treet. [url="http://phylotree.org/tree/subtree_U.htm>http://phylotree.org/tree/subtree_U.htmOm dere ser på resultater/sortering i U5-prosjektet, vil dere se at flere er grovsortert i subclades selv om de ikke har testet FGS. Andre har kommet i en gruppe der FGS-test er nødvendig for å .bli definert videre.

[Gjest Svein Arnolf Bjørndal]

(7) Foreløpig er det langt færre som har testet sitt mtDNA enn sitt Y-DNA, så det ville være merkelig om det ikke før eller senere kommer en match når bare flere får testet seg.Jeg har heller ingen treff på FGS, enda jeg tilhører en subclade på H, som er den alminneligste mt-haplogruppen i Europa. Likevel vet jeg om mange, spesielt i USA, som må ha samme FGS som meg, og de er (kvinnelige, først og fremst) etterkommere av min oldemors søster. Går jeg lenger tilbake i tid og prøver å følge sidegrener, er det sikkert enda flere, men om disse har kvinnelige etterkommere som går helt opp til nåtiden, kan det jo være vanskelig å finne ut.

[Gjest Anne M Berge]

Som jeg vel har nevnt et par ganger før:Jo flere som tester seg desto mer finner vi alle ut :-)Noe av det viktigste alle vi interesserte kan gjøre er dermed å rekruttere flere testere. Det kan i så måte være lurt å følge med på diverse tilbud som typisk gis i periodene før eller under høytider og ferier ... ;-)

[Gjest Kent Williamsson]

Anne (8) bra att du korrigerar så att det inte blir missförstånd.Jag tillhör mtDNA K och för att hitta ned till den undergrupp som jag tillhör så behövde jag testa vidare än bara HVR1.Hoppas att fler tar chansen att ta en test nu när det finns special priser innan helgerna.Även om man inte hittar någon match så har man ändå en intressant läsning (eller spekulation kanske) att göra om hur ens egen haplogrupp kunde hamna i Skandinavien.

[Gjest Terje Pedersen]

En side som knskje kan være verdt å følge med på er vel denne:Lenke

[Gjest Anne M Berge]

Angående (9):Pr i dag er dette tallene fra Family Tree DNA:# 196,074 Y-DNA records in the database# 118,442 25-marker records in the database# 99,484 37-marker records in the database# 42,867 67-marker records in the database# 120,867 mtDNA records in the database# 12,872 FGS records in the databaseDe legger ofte ut oppdaterte tall her: [url="http://www.familytreedna.com/why-FTDNA.aspx>http://www.familytreedna.com/why-FTDNA.aspxEllers er det viktig at folk legger inn sine SNPs i mitosearch også for å matches med folk som har testet utenfor FTDNA, noe mer informasjon om hvordan her:

[Gjest Anne M Berge]

Etter litt gransking og graving ser det ut som at for gratistestene fra SMGF gjelder:* SMGF oppgir ikke hvilke SNPs/mutasjoner man har i trefflistene (eks på slike postet i tema 78586)* De tallene/verdiene man ser i trefflistene med sammenligninger, er kun en liste over CRS, Cambridge Reference Sequence: [url="http://en.wikipedia.org/wiki/Cambridge_Reference_Sequence>Lenke . Alle fins her om man vil se hvilke som gjelder: http://phylotree.org/rCRS_annotated.htm* De lilla rutene viser bare at den andre personen har samme verdi der som deg - men ikke hvilken verdi. De kan si at man har treff på basepar 73, men ikke om dette er 73A (=CRS) eller 73G (typisk for en del andre haplogrupper) osv.* Genetree tar $49,50 for å oppgi SNPs til de som har testet med SMGF:

[Gjest Kai Werner Østreng]

Svein Arnolf (9)Jeg har en FGS match med en annen norsk. Dessverre følger ikke FTDNA (i motsetning til 23andMe) med på oppgraderingene av phylotree.org for H2a5 (eller hva den endelige betegnelsen nå til slutt blir), og jeg har derfor registrert mine data i Genbank på egen hånd uavhengig av FTDNA med god hjelp av Ian Logan på Genbank.Jeg har purret FTDNA for at de skal følge med i tiden på oppdateringer, det er tross alt ca 40% av Europas mtDNA innenfor mtDNA haplogruppe H. Det ser nå ut til at de endelig er i ferd med å våkne.... Jeg tror at det i nær fremtid blir mange endringer som vil vise at mange som idag har stoppet på H2a hos FTDNA og tar en full FGS-test kan ha samme mutasjon som idag kvalifiserer for H2a5 på phylotree.org, versjon august 2010.

[Gjest Svein Arnolf Bjørndal]

Ellers har jo Anne M. Berge (13) anskueliggjort hvor få FGS-resultater det på dette tidspunkt finnes hos FTDNA, så vi får bare håpe på flere testere.

[Gjest Anne M Berge]

(15): Inndelingen av haplogrupper og undergrupper er en kontinuerlig prosess, og FTDNA har valgt å legge seg på den konservative linjen. Trolig er dette for å unngå for mange omrokkeringer underveis osv.For f eks mt-haplogruppe T har det vært flere endringer: for bare to-tre år siden ble mange plassert i undergrupper fra T1 til T5. Etter siste oppdatering ble dette endret til kun to undergrupper, T1 og T2, og T3-T5 ble omdefinert som undergrupper av T2. Mange ble svært forvirret av dette. Som nevnt i tema 71326 er det en ny stor omgruppering av mt-hg T på gang som trolig kommer en gang utpå nyåret.Phylotreet og SNPedia kan man bruke selv for å se på mulige undergrupper - se f eks svar til en som spør om subclade her: [url="http://dna-forums.org/index.php?/topic/13769-can-someone-help-me-to-understand-more/page__pid__227657#entry227657>Lenke Ut fra hennes opplistede SNPs for HVR1 og 2 var det lett å finne korresponderende undergruppe. For å være helt sikker må man derimot ta en Full Sequence/FGS-test.For noen haplogrupper og undergrupper ligger en del av definerende SNPs i HVR1 eller HVR2. Da kan man ofte finne ut en del om haplogruppe ved de enklere testene, som f eks i eksemplet over fra DNA-forums.For de fleste er man derimot avhengig av å teste SNPs i det som kalles Control Region for å bestemme undergruppene.Hos Family Tree DNA gjøres dette gjennom FGS-testen som altså tester absolutt hele mitokondriet med alle 16 569 basepar (SNPs).23andMe tester kun et utvalg SNPs inntil de finner haplogruppe og undergruppe. Ulempen med å teste der er at de ikke oppgir all denne informasjonen til deg, slik at man ikke får lagt inn resultatene sine i f eks mitosearch. Man bruker heller ikke mutasjonene til å sammenligne mtDNA med andre testere - man kan kun sammenligne ut fra oppgitt haplogruppe.Et eksempel: På vår test hos FTDNA er vår morslinje for øyeblikket listet opp med mt-hg U5b2. Min test hos 23andMe oppgir derimot U5b2a1. Når jeg ser på mutasjonene og sammenligner med phylotreet vet jeg at haplogruppen/undergruppen er U5b2a1a1.Jeg kjenner til flere andre med samme undergruppe som oss, men bare to eksakte treff (for FGS). Når vi sammenligner kunnskap om eldste kjente ane i direkte morslinje for disse tre, ser vi at disse tre kvinnene levde henholdsvis på Jæren og i Romsdal på 1600-tallet, og i Durham i England på tidlig 1800-tall. Disse må ha samme stammor innen en viss tid, mest trolig en gang mellom vikingtiden og 1600-tallet. De fleste andre vi har kjennskap til i samme undergruppe (U5b2a1a1), men som vi ikke har treff med, er finner. Disse er altså fjernere slektninger. Kanskje finner vi ut flere detaljer om dette i framtiden.For å hjelpe med å finne og forstå subclades (undergrupper) er HAPLOGRUPPE-PROSJEKTENE uunnværlige.Om dere studerer listen over mt-hg U5 prosjektets resultatliste ser dere at inndelingen er svært mye mer detaljert enn det noen selskaper foreløpig oppgir - og mange av kategoriene er 'proposed new group':